上海卢湾区（现已并入黄浦区）厂房拆迁评估的注意事项主要包括以下几个方面：

一、评估机构的选择与资质

机构选择：评估机构应由被拆迁人在规定时间内协商选定。若协商不成，可由房屋征收部门通过组织被拆迁人投票决定或采取摇号、抽签等随机方式确定。确保评估机构的选定过程公正、透明。

机构资质：评估机构应具备相应的资质和执业资格，能够胜任拆迁评估工作。被拆迁人应关注评估机构的资质证书和过往业绩，确保其专业性和可靠性。

二、评估方法的适用性与准确性

评估方法选择：评估机构应根据被拆迁厂房的实际情况和当地房地产市场状况，选择适用的评估方法。常用的评估方法包括市场法、收益法、成本法等。评估方法的选择应合理、科学，能够准确反映被拆迁厂房的实际价值。

评估准确性：评估机构应严格按照评估规范和程序进行操作，确保评估结果的准确性和公正性。在评估过程中，应充分考虑被拆迁厂房的区位、用途、建筑结构、新旧程度等因素，以及市场供求关系、价格变动趋势等因素对评估结果的影响。

三、评估流程的规范性与合法性

评估流程：评估机构应按照规定的流程进行评估工作，包括前期准备、现场勘查、资料收集与分析、评估计算、报告编制等环节。确保评估流程的规范性和合法性。

公示与异议处理：评估机构应将初步评估结果向被拆迁人公示，并告知其享有提出异议的权利。被拆迁人对评估结果有异议的，应在规定时间内向评估机构申请复核或向相关部门申诉。评估机构应认真处理被拆迁人的异议，确保评估结果的公正性和可接受性。

四、关注特殊事项的评估

停产停业损失：对于因拆迁而停产停业的企业，评估机构应充分考虑其停产停业损失，包括经营效益损失、员工安置费用等。确保被拆迁企业得到合理的补偿。

设备搬迁与安装费用：对于可搬迁的设备，评估机构应评估其搬迁与安装所需的费用，并将其纳入拆迁补偿范围。确保被拆迁企业能够顺利搬迁并恢复生产。

五、维护自身权益与合法利益

了解政策法规：被拆迁人应了解国家和地方关于征地拆迁、资产评估等方面的政策法规，确保自己的合法权益不受侵害。

保留证据：在拆迁过程中，被拆迁人应保留好与拆迁相关的证据材料，如评估报告、拆迁协议等。以便在需要时维护自己的合法权益。

寻求专业帮助：若被拆迁人在拆迁过程中遇到问题或纠纷，可寻求专业律师或法律顾问的帮助，以维护自己的合法利益。

综上所述，上海卢湾区厂房拆迁评估的注意事项涉及评估机构的选择与资质、评估方法的适用性与准确性、评估流程的规范性与合法性、关注特殊事项的评估以及维护自身权益与合法利益等多个方面。被拆迁人应充分了解并遵守这些注意事项，以确保拆迁评估工作的顺利进行和自身合法权益的得到保障。