上海松江区软件著作权评估的流程主要包括以下几个步骤：

一、准备阶段

明确评估对象和范围：首先，需要明确评估的具体软件著作权，包括软件名称、版本号、权利人等信息，并确定评估的范围，如是否包括软件的所有模块、功能等。

收集资料：收集与软件著作权相关的资料，包括但不限于软件的开发文档、源代码、设计文档、用户手册、市场推广资料、财务报表等。这些资料将作为评估的依据和参考。

二、选择评估机构

选择具有专业资质和丰富经验的评估机构进行软件著作权评估。评估机构应具备相关领域的专业知识和技能，能够客观、公正地进行评估。

三、提交申请和资料

将评估申请和收集到的资料提交给评估机构。评估机构将对申请和资料进行审核，确保资料的完整性和准确性。

四、评估阶段

初步审查：评估机构对提交的资料进行初步审查，了解软件的基本情况，确定评估方法和思路。

详细评估：根据初步审查的结果，评估机构将运用适当的评估方法（如成本法、市场法、收益法等）对软件著作权进行详细评估。评估过程中，可能会考虑软件的创新性、技术含量、市场需求、竞争情况、生命周期、盈利能力等多个因素。

形成评估报告：评估机构在完成评估后，将评估结果整理成评估报告。评估报告应详细阐述评估方法、评估过程、评估结果及依据，并给出评估结论和建议。

五、审核和反馈

评估报告完成后，评估机构将报告提交给相关部门或委托人进行审核。如有需要，评估机构将根据审核意见进行修改和完善。同时，评估机构也可能与软件著作权人进行沟通，解答其关于评估结果的疑问。

六、出具评估证书或报告

经过审核无误后，评估机构将正式出具软件著作权评估证书或报告。该证书或报告将作为软件著作权价值的法定证明文件，可用于融资、交易、诉讼等多种场合。

需要注意的是，具体的评估流程可能会因评估机构、评估对象及范围的不同而有所差异。因此，在进行软件著作权评估时，建议咨询专业评估机构以获取详细的流程信息和指导。