果树损失鉴定机构主要包括以下几类：

农业行政主管部门：果树损失鉴定通常需要找农业行政主管部门，如农业局或林业局。这些部门负责农产品质量安全的监督管理工作，包括果树损失的评估。它们通常具有专业的评估团队和科学的评估方法，能够确保评估结果的准确性和公正性。

专业评估事务所：市场上存在许多专业的评估事务所，如正诚树木价格评估事务所等，它们具有法定评估资质，能够提供涉及果树、苗木等森林资源的专业鉴定评估服务。这些机构通常拥有丰富的评估经验和专业的评估团队，能够针对不同地区的果树特点和损失情况制定科学的评估方案。

农业大学或科研院校：一些农业大学或科研院校也具备果树损失鉴定的能力。它们拥有先进的科研设备和专业的科研团队，能够进行深入的科学研究和评估工作。此外，这些机构通常与地方政府和行业协会保持良好的合作关系，能够获取更多的资源和支持。

法院指定的鉴定机构：在涉及果树损失的法律纠纷中，法院通常会指定具有资质的鉴定机构进行评估。这些机构经过法院的严格筛选和审查，能够确保评估结果的quanwei性和公正性。

果树损失的评估方法主要包括收益法、成本法等。收益法是通过预测评估对象的未来收益并将其转换为现时价值来求取评估对象的客观价值。成本法则是通过计算果树的重置成本或修复成本来确定损失的价值。具体采用哪种方法需要根据实际情况和评估目的来确定。

在选择果树损失鉴定机构时，应确保该机构具有法定评估资质和丰富的评估经验。

在进行果树损失评估时，应提供详尽的损失情况和相关证据材料以便评估机构进行准确的评估。

评估结果应作为处理果树损失纠纷的重要依据之一但并非唯一依据。在处理纠纷时还需综合考虑其他相关因素如法律法规、合同条款等。

综上所述，果树损失鉴定机构包括农业行政主管部门、专业评估事务所、农业大学或科研院校以及法院指定的鉴定机构等。在选择机构时应确保其具有法定资质和丰富经验，并在评估过程中提供详尽的损失情况和相关证据材料。